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1.不同治理结构下的企业技术创新及竞争力分析，获陕西省科学技术一等奖，2004年，李垣、刘益、杨建君、常林朝、方润生、夏冬、任峰、乔伟杰、李涣萍。
2. 网络环境下的战略联盟管理模式研究，陕西省科学技术奖一等奖，2007年，李垣，刘益，张延峰，谢恩，周玉泉，吴海滨，陈丽娟，杨建君，弋亚群，杨东，李换平，赵兰。
3.促进陕西省高技术企业自主创新能力提高的机制与政策研究，获陕西省科学技术三等奖，2009年，杨建君、弋亚群、董雯、何颖、吴春鹏、阎德显、盛 锁。
4.“西安交通大学赴泸州老窖社会实践”（杨建君、周恩堂、赵丽岩等），获陕西省2010年度大学生社会实践优秀团队奖。
5.“翔能科技有限公司”创业作品（彭翔、曹智慧等），获第五届陕西省“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，获第七届全国“挑战杯”大学生创业计划竞赛银奖，2010年，指导教师：杨建君，获优秀指导教师奖。
6.“灵犀网络科技有限公司创业策划”（刘亚坤、刘鹏等），获第六届陕西省高新“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，2012年，指导教师：杨建君。
7.“飞拼科技有限公司创业计划”（于明炜、蔡新蕾等），获第六届陕西省高新“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，2012年，指导教师：杨建君。
8.“橙色科技创业计划书”（袁铮禄、李利波等），获第六届陕西省高新“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，并获得第八届全国“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，2012年，指导教师：杨建君。
9.“安瑞真空科技有限公司”（何凯、陈世通等），获第六届陕西省高新“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，并获得第八届全国“挑战杯”大学生创业计划竞赛银奖，2012年，指导教师：杨建君。
10.“奇点兄弟有限公司创业团队”（郭文鈺等），获第七届陕西省“挑战杯”大学生创业计划竞赛金奖，并获得参加第九届全国“挑战杯”大学生创业计划竞赛资格，2014年，指导教师：杨建君。
2008年获陕西高校科学技术奖二等奖（第一完成人）。2003年、2006年分别获陕西省高等学校科学技术一等奖。
2009年获中国MBA西北联盟“杰出贡献奖”。
2010年获陕西省“创新、创意及创业”挑战赛陕西省分赛区决赛优秀指导教师奖。
2011年获陕西省高等教育工委优秀共产党员称号。
两次获得西安交通大学科学技术一等奖，三次获得西安交通大学教学成果二等奖，两次获得西安交通大学优秀本科毕业论文指导教师奖。
2010年获得西安交通大学学生科技竞赛优秀指导教师称号。
获西安交通大学思想政治科学研究年会论文一、二等奖三次（1999，2004，2006）。
2006、2007、2011年三次获西安交通优秀副处级干部称号。
2011年获西安交通大学优秀社会科学工作者称号。
获管理学院1999年度伟志奖教金一等奖、获2002年管理学院汪应洛奖教金三等奖各一次。
2012年，所承担的国家自然科学基金项目“我国企业大股东与经理人之间的信任关系对企业技术创新行为的影响”，在后评估中被评为“优”。
2013年6月，被第八届中国管理五环峰会授予“纵横卓越管理理论奖”
