1. 张虎勤主持“CD34+造血干细胞治疗糖尿病足的可行性研究”，项目批准号：201811165，资助金额：5万元，项目起止时间：2018.11-2021.06，正在进行。
2. 张虎勤主持“抗原致敏DC-CIK细胞对乳腺癌细胞的杀伤作用研究”，项目批准号：201611101，资助金额：10万元，项目起止时间：2016.10-2018.09，已经完成。
3. 张虎勤主持“古DNA技术和法医学方法联合解析新石器人类缘源关系及特征的综合研究”，项目批准号：Z201503188，资助金额：30万元，项目起止时间：2015.1-2018.12，已经完成。
4. 张虎勤主持“基于DNA遗传信息标识和分类的区域人口结构新型表征体系研究”，国家自然科学基金委员会，项目批准号：61372151，资助金额：78万元，项目起止时间：2014.1-2017.12，正在进行。
5. 张虎勤主持“关中新石器人类古DNA血亲关系分析和分子技术断代研究”，国家自然科学基金，项目批准号：41072020，资助金额：48万元，项目起止时间：2011.1-2013.12，已经完成。
6. 张虎勤主持“关中地区密集人群mtDNA基因突变与2型糖尿病相关性研究和致病预报”， 陕西省科技攻关项目。项目批准号：2010K15-05，资助金额：4万元，项目起止时间：2010.1-2012.12，已经完成。
7. 张虎勤主持“关中地区新石器时代典型墓葬古DNA分子考古学研究”，国家自然科学基金，项目批准号：40642008，资助金额：10万元，项目起止时间：2007.1-12，已经完成。
8. 张虎勤主持“西安历史文化遗产开发与保护研究”西安市科学技术局项目，资助金额：6万元，项目起止时间：2014.1-2015.12，正在进行。
9. 张虎勤主持“西安新石器时代仰韶族群DNA分子考古研究”，陕西省自然科学基金项目，项目合同编号：2004D13，资助金额：1.5万元，项目起止时间：2004.1—2006.12，已经完成。
10. 张虎勤主持“半坡人类生命物质遗存的分子考古学研究”西安交通大学自然科学基金项目，资助金额：2万元，项目起止时间：2002.1—2003.12，已经完成。
11. 张虎勤主持西安市科技创新环境建设计划项目，西安市科技局，项目合同编号：HJ05005-2，资助金额：2.0万元，项目起止时间：2005.1—2007.12，已经完成。
12. 张虎勤主持西安市科技创新环境建设计划项目，西安市科技局，项目合同编号：HJ04006—5，资助金额：1.0万元，项目起止时间：2004.1—2006.12，已经完成。
13. 张虎勤主持“文物环境保护纳米功能应用研究” 国家文物局项目，项目合同编号：9901，资助金额：7万元，项目起止时间：2000.1—2002.12，已经完成。
14. 张虎勤参加“遗址陵墓博物馆环境标准研究”国家文物局攻关项目，项目合同编号：950103，资助金额：4万元，项目起止时间：1996.1—1999.12，已经完成。
15. 张虎勤主持国家文物局重点科研基地“秦汉彩绘颜料特征指标体系及环境降解因素指标研究”，资助金额：5.0万元，项目起止时间：2008.1-2009.12，已经完成。
16. 张虎勤主持“碑林区域文化产业规划与设计”项目，西安市碑林区政府，资助金额：2万元，项目起止时间：2009.1—2009.12，已经完成。
17. 张虎勤主持国家科技部项目“濒危馆藏壁画抢救性—馆藏壁画保护综合研究”，资助金额：5.0万元，项目起止时间：2008.01-2009.12，已经完成。
18. 中国-意大利重大国际合作项目“西安文化遗产保护修复计划项目”，承担科学实验室的建设工作。